在探讨这一问题时，我们需要从政策背景、实际操作以及相关法律法规的角度进行全面分析。首先，一次性医疗补助金和一次性就业补助金是针对特定人群设立的两项重要社会保障措施，旨在帮助因各种原因失去工作能力或就业机会的人群缓解经济压力。

从政策角度来看，这两项补助金虽然性质不同，但都属于社会保障体系的一部分。一次性医疗补助金主要用于解决因病致贫的问题，而一次性就业补助金则侧重于帮助失业人员重新融入劳动力市场。理论上，这两项补助金可以由不同的部门负责发放，并且可以根据实际情况分开发放。

然而，在实际操作中，是否能够实现分开发放还需要考虑以下几个因素：

1. 信息共享机制：为了确保补助金能够精准发放到符合条件的对象手中，相关部门之间需要建立高效的信息共享机制。这不仅包括身份信息的核实，还涉及到对申请人健康状况及就业情况的综合评估。

2. 资金管理与监督：无论是一次性医疗补助金还是就业补助金，其资金来源通常都是财政拨款或其他公共基金。因此，在分开发放过程中必须加强对资金使用的监管，防止出现挪用或滥用现象。

3. 申请流程设计：如果决定将这两项补助金分开发放，则需优化现有申请流程，避免给申请人带来不必要的麻烦。例如，可以通过简化材料提交要求等方式提高办事效率。

4. 法律依据支持：最后也是最重要的一点是，《社会保险法》等相关法律法规应当对此类情形作出明确规定，为分开发放提供坚实的法律保障。

综上所述，一次性医疗补助金和一次性就业补助金原则上是可以分开发放的，但在具体实施时还需结合当地实际情况制定详细方案，并确保各个环节符合法律规定。只有这样，才能真正发挥这两项补助金的作用，为广大受益者提供更多实质性的帮助。