首先，我们需要明确正方体容器的体积计算公式。正方体的体积等于棱长的三次方，因此该容器的总容积为 \(2 \times 2 \times 2 = 8\) 立方分米，即8升。而题目中提到已经倒入了5升水，这意味着容器内还剩下 \(8 - 5 = 3\) 升的空间可供利用。

接下来，当我们将小石头放入水中时，会发生什么呢？根据阿基米德原理，物体在液体中的浮力等于它排开的液体重量。如果小石头完全浸没且不漂浮，则它会占据一定体积的空间，并导致水位上升。假设这块石头的体积为 \(V_{\text{stone}}\)，那么水位会上升到一个新的高度，直到整个容器内的水达到新的平衡状态。

为了进一步分析，我们还可以通过实验测量来验证理论结果。例如，可以使用量筒或其他工具精确测定小石头的实际体积，并观察其对水位的具体影响。这种实践活动不仅有助于加深对体积和密度概念的理解，还能培养动手能力和科学探究精神。

此外，在现实生活中，类似的情境也经常出现。比如在制作工艺品或装修设计时，如何合理安排空间布局、最大化利用有限资源等问题都离不开类似的数学思维。因此，学习这类知识不仅能帮助我们解决具体问题，还能提升我们的逻辑推理能力以及解决问题的能力。

综上所述，“一个正方体玻璃容器的棱长是2分米，向容器中倒入5升水，再把一块……”这样一个看似普通的场景背后蕴含着丰富的科学道理。通过深入思考这些问题，我们可以更好地理解自然界中的各种现象，并将其应用到实际生活当中去。